Священномученик Исидор был священником Никольского храма в городе Юрьеве (Дерпте, современном Тарту в Эстонии). По договору, заключенному в 1463 году между Московским великим князем Иоанном III и ливонскими рыцарями, последние обязывались оказывать всяческое покровительство православным в Дерпте. Однако ливонцы нарушили договор и стали принуждать православных к унии. Пресвитер Исидор мужественно стал на защиту Православия. Он предпочел принять мученический венец, но не подчиниться католикам. Блаженный Исидор и с ним 72 прихожанина были утоплены в проруби в праздник Богоявления после освящения воды в реке Амовже (или Эмайыги). Весной, во время разлива, нетленные тела святых мучеников и среди них тело священномученика Исидора в полном облачении были найдены проезжавшими русскими купцами на берегу. Святых погребли около Никольской церкви.