Сборы проходили с 26 по 30 июня 2006 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия и при содействии Министерства обороны Российской Федерации. Их возглавил Председатель Отдела Московского Патриархата по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями протоиерей Димитрий Смирнов.
В Сборах приняли участие 130 человек, их них 106 священнослужителей из 54 епархий Русской Православной Церкви. Вооруженные Силы на Сборах представляли Первый заместитель начальника Главного управления воспитательной работы Вооруженных Сил Российской Федерации генерал-лейтенант В.Н. Бусловский, командование Балтийского флота, представители Главного командования Военно-морского флота, командный состав воинских частей и соединений.
Особенностью нынешних Сборов стало обсуждение путей претворения в жизнь Постановления Священного Синода Русской Православной Церкви от 11 апреля 2006 года, в котором говорится о важности восстановления института военного духовенства в Российской Армии. Священный Синод обратился к епархиальным Преосвященным с призывом об активизации работы по духовно-нравственному окормлению военнослужащих в координации с Синодальным Отделом. В связи с этим было принято решение о соборном обсуждении новых задач в рамках готовящихся Всероссийских Сборов военного духовенства.
На Сборах обсудили квалификационные требования, предъявляемые к военному священнику, а также перспективы создания системы подготовки военного духовенства. Отдельные заседания были посвящены текущим вопросам взаимодействия Русской Православной Церкви и силовых ведомств Российской Федерации, состоялся обмен опытом работы священнослужителей и офицеров частей и соединений Балтийского флота.
28 июня участники Сборов вышли в море на большом десантном корабле "Калининград". В море были отданы воинские почести морякам-балтийцам, погибшим при защите Отечества, и отслужена заупокойная лития. По окончании кратковременного морского похода военные священники провели беседы со всеми экипажами кораблей, дислоцирующихся в секторе Военно-морской базы города Балтийска, а также с личным составом других специальных подразделений, располагающихся на территории базы.
На следующий день, 29 июня, Митрополит Калининградский и Смоленский Кирилл освятил малым чином храм-часовню в честь святого адмирала Феодора Ушакова, построенный на территории Балтийского военно-морского института, на базе которого и проходили IV Сборы. Перед освящением состоялось торжественное построение личного состава Института, кадетского корпуса, также находящегося на территории Института, и военного духовенства. На церемонии присутствовал Командующий Балтийским флотом вице-адмирал К.С. Седенко, а также представители всех традиционных для России религий.
В завершение работы IV Всероссийских учебно-методических сборов были приняты рекомендации духовенству, взаимодействующему с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями Российской Федерации.