Свято-Никольский храм был построен в 1897 году по проекту архитектора П.М.Зыбина в честь бракосочетания императора Николая Александровича и императрицы Александры Федоровны как церковь-школа для детей железнодорожных служащих станции Саратов-II на средства, пожертвованные Рязанско-Уральской железной дорогой. В советское время храм был закрыт. В 1994 году он был переосвящен, и здесь была отслужена первая Божественная литургия, а в 1997 году постановлением Священного Синода Свято-Никольский приход г. Саратова был преобразован в Свято-Никольский монастырь.
Установка нового купола была произведена из-за ветхости старой деревянной конструкции. Теперь основание купола представляет собой металлический каркас с нитрид-титановым покрытием. Чин освящения купола и креста совершил наместник Свято-Никольской обители иеромонах Никон (Поляков).
Новый купол для храма был изготовлен в Волгодонске на средства, предоставленные корпоративным благотворительным фондом «Радуга» нефтяной компании ТНК-ВР.