6 октября 2011 года участники заседания Священного Синода Русской Православной Церкви заслушали рапорт архиепископа Верейского Евгения, председателя Учебного комитета при Священном Синоде, о поступившем прошении епископа Якутского и Ленского Романа преобразовать Якутское духовное училище в семинарию.
Синод постановил преобразовать Якутское духовное училище в Якутскую духовную семинарию. Ректором семинарии назначен игумен Андрей (Мороз), ранее исполнявший обязанности ректора Якутского духовного училища (журнал № 119).
О необходимости создания в Якутии духовной семинарии говорил в ходе Первосвятительского визита в епархии Восточной Сибири и Дальнего Востока Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. «Якутская православная духовная семинария ... могла бы занять особое место в ряду высших учебных заведений Русской Православной Церкви. Именно здесь подобающее место для того, чтобы развивать образовательные программы, в первую очередь служащие малым народам Севера, Сибири и Дальнего Востока», — отметил Святейший Владыка, выступая 23 сентября 2010 года на торжественной церемонии открытия Духовно-просветительского центра в честь свт. Иннокентия (Вениаминова) в Якутске.