Священномученик Емилиан Антонович Гончаров родился 5 августа 1882 года в селе Старая Полтавка Новоузенского уезда Самарской губернии (ныне районный центр в Волгоградской области) в крестьянской семье. Неизвестно, когда и при каких обстоятельствах семья Гончаровых переехала из степного Заволжья в центральную Россию, но установлено, что Емельян Гончаров окончил шестилетний курс городского училища во Владимире и затем на протяжении шести лет был послушником Боголюбовского Рождественско-Богородицкого мужского монастыря в селе Боголюбово под Владимиром. 6 февраля 1907 года Емельян Антонович был временно допущен епархиальным начальством к исполнению обязанностей псаломщика в церкви святого Андрея Критского села Андреевского-Туркина Александровского уезда Владимирской губернии. Он поступил на место отца своей невесты — псаломщика Иоанна Львовича Кудрявцева, умершего 15 декабря 1906 года.
16 февраля 1907 года состоялось венчание Емельяна Антоновича Гончарова, двадцати четырех лет, и 28‑летней Пелагеи Ивановны Кудрявцевой. Жили супруги вместе с тещей, Параскевой Андреевной Кудрявцевой (она скончалась 9 июля 1914 года). 27 мая того же года Емельян Антонович был принят в духовное звание и допущен к исполнению должности псаломщика. Жалованье псаломщика было совсем небольшим, жили Гончаровы небогато. Подспорьем служили корова, а также пенсия 50 рублей в год, которую получала Параскева Андреевна как вдова.
11 декабря 1912 года Емельян Гончаров был утвержден в должности псаломщика церкви села Андреевского-Туркина Александровского уезда Владимирской губернии. До 1918 года служил в нем, а также некоторое время — в селе Нестерове Переславского уезда (ныне Ярославская область). В июле 1918 года он уволился с должности псаломщика и вскоре переехал в Саратовскую губернию.
В 1921 году Емилиан Гончаров был рукоположен в сан диакона; служил в Ново-Казанской (Казанской на 
Улешах) церкви Саратова, настоятелем которой был протоиерей Лев Архангельский (1869–1934). 16 марта 1929 года Ново-Казанский храм был закрыт. В 1930 году оставшийся без места диакон Емилиан был рукоположен во иерея и продолжил служение в храмах Саратова. В 1932 году отец Емилиан перешел на служение в Московскую епархию. Он получил назначение на приход храма в честь Рождества Христова в селе Рождествено Ново-Петровского (ныне — Рузского) района Московской области.
5 октября 1937 года председатель Рождественского сельсовета заявил в местный райотдел НКВД, что он предпринял обыск в амбаре, который ранее принадлежал церкви, а затем перешел во владение местной школы, и что при этом обыске было найдено двадцать пять патронов к трехлинейной винтовке. Также в амбаре обнаружилось «много церковной литературы и журналы Московской Патриархии за 1931 год». Это послужило поводом к аресту священника. 7 октября сотрудники Ново-Петровского РО УГБ Управления НКВД СССР по Московской области доставили отца Емилиана в Ново-Петровское отделение милиции. При обыске у него изъяли медный и серебряный кресты, две серебряные дарохранительницы, две серебряные чаши, два серебряных ковшика и разную церковную литературу.
Из протокола первого допроса:
«— Гражданин Гончаров, при вскрытии амбара, принадлежавшего церкви, обнаружены 25 штук боевых винтовочных патронов. Требуем говорить, где Вы их взяли?
— В отношении обнаруженных боевых патронов я могу пояснить следующее: амбаром пользовались бывший офицер Успенский и Соколова. Мое участие было в виде помощи Соколовой в переборке книг. Кому принадлежали патроны, сказать не могу, от них я отказываюсь, я этих патронов не видел и не клал.
— Гражданин Гончаров, Вы арестованы за активную контрреволюционную деятельность, которую Вы вели вместе с членами контрреволюционной группы.
— Никакой контрреволюционной работы среди населения я не вел, и членом контрреволюционной группы я не состоял, хотя со всеми поименованными лицами я был знаком. Больше показать ничего не могу».
9 октября на допрос был вызван староста Христорождественского прихода, который показал, что настоятель «к Советской власти относился враждебно… говорил: “Вот, Советская власть ободрала попов налогами, не успеваем платить: один заплатишь, тебе другой шлют. Вот что делают коммунисты-антихристы, говорят одно, а делают другое”». 12 октября был допрошен секретарь Рождественского сельсовета, который показал: «В августе месяце 1937 года в сельском совете поп Гончаров говорил: “Почему вы мне не разрешаете ходить с иконами по домам верующих? В Конституции пишут, что можно ходить, а вы не разрешаете”. Тогда я ему ответил, что без справки от врача мы вам не разрешим. На эти слова Гончаров заявил: “Советская власть выпустила Конституцию для обмана народа, в Конституции пишут одно, а на деле делают другое”».
14 октября состоялся повторный допрос новомученика. На нем священнику были зачитаны показания лжесвидетелей, после чего было задано только два вопроса:
«— Гражданин Гончаров, вы состояли членом контрреволюционной группы, руководителем которой был бывший офицер Успенский, членами были: урядник Соколов, кулак Колчин. Следствие требует показаний — какое участие вы принимали, будучи членом этой группы?
— Членом контрреволюционной группы я не состоял, и участия в ней я никакого не принимал, но людей этих я знаю.
— Гражданин Гончаров, вы арестованы как активный член контрреволюционной группы, которая состояла из
бывшего офицера Успенского, урядника Соколова и кулака Колчина, ваша группа систематически проводила контрреволюционную агитацию среди населения, в том числе и вы. Виновным вы себя признаете в этом?
— Будучи уличен свидетельскими показаниями, все же я виновным себя не признаю, контрреволюционной агитации я не вел и членом контрреволюционной группы не состоял. Больше я добавить ничего не могу».
Дело священника было передано на рассмотрение тройки УНКВД по Московской области. 16 октября 1937 года отец Емилиан Гончаров был препровожден в тюрьму города Волоколамска, а затем в московскую тюрьму № 1, где и была сделана единственная известная на сегодняшний день фотография священномученика Емилиана. Последняя попытка добиться от священника нужных показаний была предпринята следователем 31 октября. Третий допрос состоял из одного-единственного вопроса:
«— Вы признаете себя виновным в антисоветской агитации?
— Нет. Виновным себя в антисоветской агитации я не признаю».
3 ноября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Емилиана к высшей мере наказания. Священномученик Емилиан Гончаров был расстрелян 5 ноября 1937 года на Бутовском полигоне и погребен в общей могиле. В августе 2000 года на Юбилейном Архиерейском Соборе он был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Церкви Русской для общецерковного почитания.