Иван Михайлович Днепровский родился 18 сентября 1875 года в селе Старый Чирчим Камешкирской волости Кузнецкого уезда Саратовской губернии (ныне в Камешкирском районе Пензенской области) в семье пономаря. 5 ноября 1892 года он стал псаломщиком Казанской церкви села Улыбовка Вольского уезда Саратовской губернии, где также учительствовал в церковно-приходской школе и в сельской школе грамоты. 14 февраля 1899 года Иван Днепровский был посвящен в стихарь.
3 декабря 1905 года тридцатилетний псаломщик был рукоположен во диакона и определен в Богоявленскую церковь села Терса Вольского уезда. 5 ноября 1906 года он утвержден законоучителем, а также учителем церковнославянского языка и пения церковно-приходской школы при этом храме. С августа 1908 года отец Иоанн — законоучитель в одноклассном училище Министерства народного просвещения в селе Девичьи Горки.
Супругой отца Иоанна стала дочь священника из села Полчаниновка Илии 
Аткарского — Александра. У четы родилось четверо детей: Серафима (1899–1945), Михаил (1900–?), Николай (1902–1963) и Сергей (1904–?).
По рукоположении во иерея отец Иоанн на протяжении 18-ти лет (с 1911 по 1929 год) служил в Свято-Троицком храме села Полчаниновка (Новонатальино тож) Вязовской волости Саратовского уезда (сейчас в Татищевском районе Саратовской области). Осенью 1919 года отец Иоанн был арестован органами ВЧК. Его обвиняли в том, что он хранил под престолом в храме две ручные бомбы, якобы обнаруженные сотрудниками ВЧК. Видимо, даже среди саратовских чекистов нашлись люди, понимавшие абсурдность такого обвинения: отец Иоанн, проведя в заключении 18 суток, был отпущен без последствий. В 1929 году, в связи с гонениями на веру, будущий священномученик оставил открытое служение. Полчаниновская церковь была разрушена, на ее месте выстроен магазин.
Внук святого Иоанна, Владимир Сергеевич Днепровский, вспоминал, что еще в начале 1920‑х годов, то есть в период служения своего в Полчаниновке, его дед купил на окраине Саратова, в районе Соколовой горы, небольшой деревянный дом — для того, чтобы подрастающие дети могли жить и учиться в городе. Дом был записан на дочь новомученика Серафиму Ивановну, которая жила в нем до самой смерти, последовавшей в 1945 году. По семейному преданию, именно в этом доме в голодном 1933 году отошла ко Господу супруга святого Иоанна Александра Ильинична. Она похоронена на Воскресенском кладбище Саратова.
Отец Иоанн переехал в Новоузенск и устроился наблюдателем на Нижне-Волжскую испарительную станцию, где проработал до самого ареста. Супруга его с детьми жили, по всей видимости, в Саратове. Священника приютила у себя монахиня Акилина (Шилина), которой принадлежал дом по адресу: улица Калачевского, 24.
8 декабря 1937 года отец Иоанн был арестован по обвинению в «распространении контрреволюционной клеветы о новой советской конституции и руководителях Советской власти» и «проведении антисоветской агитации против Советской власти» и заключен в тюрьму в Саратове. При обыске у священника был обнаружен только паспорт: ни вещей, ни ценностей.
Из протокола первого допроса:
« — Вы обвиняетесь в контрреволюционном действии против существующего политического строя в СССР.
— Виновным себя в этом не признаю.
— Вы клеветали на сталинскую конституцию, говорили, что это кабала и больше ничего и что хорошего от нее ждать нельзя. Признаете ли это?
— Это я также категорически не признаю.
— Вы говорили, что в день выборов сгонят всех на отдельные базы и прикажут голосовать за того, кто им будет выгоден, — будете ли это отрицать?
— Не признаю и это.
— Вы говорили, что советская власть посягнула на религию, разграбила храмы, невинно сослала все духовенство, — признаете ли это?
— Да, это я действительно говорил — что все храмы советская власть уничтожила и что священство невинно все сослано, других разговоров я совершенно не вел.
— Расскажите следствию, с кем из духовенства в Новоузенске вы поддерживали связь?
— Я был тесно связан только со священником Алексеем Поповым, у которого часто бывал и вел беседу, как вывести из тупика религию, так как советская власть окончательно добивает ее и жить нам становится все труднее.
— В беседе Попов защищал права религии, предлагал вам быть еще активнее в религиозных мероприятиях — вы дали согласие действовать заедино?
— Когда мы с Поповым беседовали относительно религии, то он мне говорил, что христианская религия самая идеальная и что отступать от нее не следует, — с этим и я с ним согласился, обещал чем смогу помочь, другого у нас в разговорах ничего не было.
— Вы говорили, что скоро советская власть будет свергнута, это осуществят культурные державы — Япония, Германия. Признаете ли это?
— Нет, этого я не признаю.
— Вы производили у себя на квартире сборы верующих, среди которых распространяли контрреволюционную пропаганду, создавали фонды для поддержания религии.
— Это я категорически отрицаю».
В тот же день следствие было закончено, дело было передано на рассмотрение особого совещания (тройки) УНКВД по Саратовской области, а еще день спустя, 10 декабря, священномученик был приговорен к расстрелу. Постановление было приведено в исполнение 15 декабря 1937 года в Саратове. Место захоронения святого осталось неизвестным. Священник новоузенской Свято-Екатерининской церкви Алексий Иванович Попов попал в жернова НКВД еще раньше — после «следствия», продолжавшегося всего девять дней, он был расстрелян в Саратове 21 сентября 1937 года и реабилитирован в 1989 году.
В 1961 году сын святого Иоанна Николай обратился в прокуратуру Саратовской области с просьбой о реабилитации отца. Обнаружилось, что в основу обвинения положены показания трех свидетелей, из которых к моменту пересмотра дела в живых оставалась лишь одна свидетельница. Эта женщина пояснила, что в далеком 37‑м никаких показаний на Днепровского не давала и вообще не была знакома с этим человеком. По протесту прокуратуры Саратовской области Президиум Саратовского областного суда своим постановлением от 29 октября 1961 года реабилитировал Ивана Михайловича Днепровского за недоказанностью обвинения. В документе о реабилитации отмечено, что дело было сфабриковано с грубым нарушением закона.
Однако дети отца Иоанна, даже добившись его реабилитации, долго не могли ничего узнать о его судьбе. Правда стала известна лишь в 1991 году, когда на запрос внуков святого, Владимира и Ирины, Управление КГБ СССР по Саратовской области сообщило, что Днепровский был расстрелян.
Священник Иоанн Днепровский был прославлен в сонме новомучеников и исповедников Церкви Русской постановлением Священного Синода от 17 июля 2002 года.
В настоящее время в Полчаниновке действует храм, расположенный в приспособленном доме. В храме есть икона святого Иоанна. В день его мученической кончины совершается служба ему и устраивается небольшой сельский приходской праздник.