Священномученик Иоанн родился 1 января 1864 года в селе Акатная Маза Хвалынского уезда Саратовской губернии в семье старообрядцев Белокриницкого согласия. В хозяйстве Заседателевых были две лошади, корова и три овцы. Семья засевала четыре десятины земли. Чтобы помочь отцу — тоже Ивану — прокормить семью, Ваня с детства нанимался в батраки к зажиточным крестьянам. Когда мальчику исполнилось 15 лет, отец отправил его в Черемшанский Успенский старообрядческий монастырь, дабы он научился церковному чтению, пению и «древлему благочестию». По возвращении из монастыря Ивана женили на девице Ксении — она не принадлежала к старообрядчеству. В 1885 году под влиянием местного священника Елпидифора Владыкина семья Заседателевых присоединилась к Православной Церкви на условиях единоверия (сохранения двуперстия и старообрядческого богослужения), причем инициатива присоединения принадлежала Ивану-младшему. Он примкнул к миссионерскому кружку, организованному отцом Елпидифором в Акатной Мазе для противодействия старообрядческому расколу, и стал активно участвовать в его работе. Через некоторое время Преосвященный Авраамий (Летницкий) благословил Ивану Заседателеву самостоятельно проводить диспуты со старообрядцами.
В 1896 году Иван Иванович Заседателев был рукоположен во иерея к Рождество-Богородицкому единоверческому храму города Николаевска, где ему было суждено прослужить долгие годы. Как пишет в своей статье «В Бога верую, от Бога не отступлю» секретарь комиссии по канонизации подвижников благочестия Саратовской епархии иерей Максим Плякин, «рукоположение крестьянского юноши без образования в те годы было редкостью; в данном случае оно говорит о большом стремлении молодого миссионера к знаниям, о его способности самообучением восполнить недостаток классического образования». И, наверное, отец Иоанн действительно восполнил этот недостаток, потому что в 1910 году в свет вышла написанная им брошюра «Две беседы с баптистами», посвященная вопросу о крещении. В 1912 году он принял участие в I Всероссийском съезде православных старообрядцев (единоверцев), прошедшем в Санкт-Петербурге.
Отец Иоанн был законоучителем 3-го мужского училища в Николаевске и исполнял должность уездного миссионера. По сведениям балаковского краеведа Павла Соловьёва, «каждое воскресенье он проводил в своем храме собеседования со старообрядцами, и, например, только за первое полугодие 1903 года он обратил из раскола в единоверие 18 человек».
После революции отец Иоанн участвовал в открытых диспутах с идейными безбожниками.
В 1932–1934 годах (возможно, после закрытия Рождество-Богородицкой единоверческой церкви) будущий священномученик служил сначала в селе Сулак Балаковского района (сейчас в Краснопартизанском районе), а затем в Корнеевке — той самой, которая известна чудесным явлением Испанского образа Божией Матери летом 1917 года.
У отца Иоанна и супруги его Ксении Елисеевны было трое детей: Николай (1888 г. р.), Анна (1896 г. р.) и Татьяна (1898 г. р.). О Николае известно, что в 1934 году он был завучем школы-десятилетки в Саратове, в 1941 году — преподавателем Саратовского пединститута. К моменту первого ареста отец Иоанн уже был вдовцом.
7 сентября 1934 года священник был арестован Пугачевским РО НКВД по делу об «антисоветской организации среди церковнослужителей». В постановлении об аресте было указано, что он занимается сочинением богословской литературы «контрреволюционного» содержания и «нелегальным ее распространением среди граждан». Эту рукописную литературу у него изъяли при обыске: «Генеалогия человека», «Всемирный потоп», «Мозг, душа и дух», «О душе». Своей позиции он от следствия не скрывал: «Я ставил своей целью проведение борьбы за религию, в частности боролся с проводимой антирелигиозной пропагандой, проводимой Соввластью, путем распространения своей литературы, которая у меня была направлена в противовес учениям Маркса, Энгельса, Ленина, этим самым я ставил себе целью не дать возможности умереть религии. <…> Считаю своим долгом признаться открыто, что я не одобряю политику Соввласти по отношению к религии, которая борется с ней, проводит антирелигиозную пропаганду, я считаю религию частным делом, а поскольку религия частное дело, являясь ревнителем ее, я боролся за нее с мероприятиями Соввласти, которые я не одобряю и не согласен с ними, а потому и вел борьбу…».
И на другом допросе:
«В своих рукописях я доказывал, что марксистское миропонимание не верно, в частности я доказывал неверность учения Энгельса, Ленина. Эти доказательства я приводил в большинстве своих рукописей, поставив перед собой задачу — активно отстаивать религиозную науку, борясь с материалистической наукой. Цель у меня была такова: доказать неправильность марксистского учения и, в частности, неправильность научных трудов Энгельса и Ленина, доказать правильность библейского учения».
17 марта 1935 года Особым совещанием при НКВД СССР отец Иоанн был приговорен к ссылке в Казахстан сроком на три года. После освобождения он жил какое-то время у сына в Саратове, но власти предписали ему немедленно покинуть областной центр. Весной 1939 года отец Иоанн вернулся в Николаевск, который носил уже имя Пугачёв, и в котором не было ни одного действующего православного храма. Родная для отца Иоанна единоверческая церковь еще стояла, но была закрыта (решение о ее сносе было принято райисполкомом в апреле 1941 года). Отец Иоанн обращался в Пугачёвский горсовет за разрешением открыть молитвенный дом, но ему отказали. Он хранил антиминс и тайно совершал служение в домах верующих. Второй раз его, 77‑летнего старца, арестовали уже во время войны — в сентябре 1941‑го. Из постановления об аресте: «Являясь враждебно настроенным человеком к Советской власти, проводит среди окружающего населения церковную пропаганду и контрреволюционную агитацию, распространяет антисоветскую клевету о жизненных условиях трудящихся Советского Союза и высказывает пораженческие настроения в отношении Советской власти».
Как пишет упомянутый выше Павел Соловьёв, на допросах престарелый мученик вел себя с мужественным смирением: «Я делал все, что полагается делать религиозно верующему человеку». Он отверг обвинения в антисоветской деятельности и отказался назвать фамилии тех верующих, в семьях которых он совершал таинство Крещения.
В декабре 1941 года уголовное дело в отношении Ивана Ивановича Заседателева и Федора Никифоровича Сумина, тоже священника, рассматривала коллегия областного суда: выездное заседание состоялось в Пугачёве. На допросе в ходе судебного заседания святой мученик Иоанн показал следующее: «В течение 20 лет я изучал ученье Дарвина, изучал материализм, с учением последнего я не согласен. Прочитав всю эту литературу, я еще больше убедился, что все создано Богом, человек создан Богом, в нем есть дух и душа. Я всегда и всюду говорил и говорю: Богу верую, от Бога не отступлю. На власть никогда не роптал, потому это грешно, всякая власть дана от Бога. Среди верующих и вообще окружающих я никогда никакой антисоветской агитации не проводил».
Священник Иоанн Заседателев был приговорен к высшей мере наказания — расстрелу. Он подал кассационную жалобу, в которой отвергал несправедливые обвинения в контрреволюционной и пораженческой агитации, однако подчеркивал: «как верующий остаюсь при своих убеждениях и по сие время». 14 марта 1942 года Судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда СССР изменила приговор по делу Заседателева и Сумина с расстрела на лишение свободы сроком на 10 лет с отбыванием наказания в исправительно-трудовых лагерях и с последующим поражением в правах на пять лет.
78-летний священномученик Иоанн Заседателев был этапирован в легендарный Карлаг. 25 октября 1942 года он прибыл на станцию Карабас, которую заключенные прозвали «воротами ада», и через три дня скончался на этой станции от пневмонии и истощения.
«Однако рукотворный ад, уготованный гонителями исповедникам веры, обернулся торжеством добропобедного мученика, до последнего своего дыхания сохранившего верность Богу, о чем он свидетельствовал не только перед духовными детьми, но и перед своими палачами. Служивший Церкви пером и словом, отстаивавший истинность слова Божия, святой Иоанн стал поистине свидетелем Христовой правды, оставив нам, как бесценный бисер, свои слова, изреченные в защиту веры и Священного Писания», — пишет иерей Максим Плякин в своей статье о новомученике Иоанне Заседателеве.
Отец Иоанн был посмертно реабилитирован по обоим уголовным делам. 20 августа 2000 года, по завершении Юбилейного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви, иерей Иоанн Заседателев был причислен к лику святых для общецерковного почитания в Соборе новомучеников и исповедников Российских. 29 декабря 2010 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла священномученик Иоанн был внесен в список Собора Саратовских святых.