Икона была написана в тысяча шестьсот пятьдесят восьмом году иконописцем Григорием Дубенским, в монашестве – Геннадием. Образ Богоматери находился в Троицком монастыре города Чернигова.
В тысяча шестьсот шестьдесят втором году от иконы в течение восьми дней истекали слезы. Это стало предзнаменованием беды. В том же году город подвергся нападению и разорению от татар.
Они ворвались в обитель, вошли в главный храм, опрокинули иконы, забрали утварь, но Ильинско-Черниговский образ остался нетронутым. Невидимая сила остановила грабителей, и они поспешно покинули монастырь. Также не пострадала и братия монастыря, укрывшаяся в пещере, в которой некоторое время подвизался сам преподобный Антоний Печерский.
Другие чудеса, совершавшиеся после молитв перед Ильинско-Черниговской иконой описал в книге Руно Орошенное святитель Димитрий Ростовский – известных духовный писатель и проповедник, составивший сборник Жития Святых.
Также об этой иконе писал другой известный святой – святитель Иоанн Тобольский. Позднее с иконы был сделан список, находившийся в Гефсиманском скиту Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.
В тысяча восемьсот шестьдесят девятом году после молитвы перед иконой в Гефсиманском скиту исцелилась крестьянка, десять лет страдавшая от паралича. Почитание иконы стало распространяться.