Будущий миссионер и проповедник православия в Японии родился в тысяча восемьсот тридцать шестом году в Смоленской губернии, в семье священника.
Чтобы добраться до Смоленска и поступить в семинарию Иван Касаткин (так звали святителя до монашеского пострига) прошел пешком сто пятьдесят верст из родного села. Так велико было его желание учиться и стать священником.
Затем Иван окончил духовную академию в Петербурге, где и узнал, что для русского посольства в Японии нужен священник. Приняв монашество, он отправился к новому месту служения.
В Японии к христианству относились очень подозрительно, а в иностранцах видели тайных врагов. Но святитель Николай решил посвятить себя делу проповеди православия среди японцев.
В течение 8 лет он изучал японский язык, быт и культуру. После этого он возглавил Русскую Духовную Миссию, открывшуюся в столичном Токио. Здесь был построен православный храм, открылась духовное училище, началось издание газеты, переводились книги, был создан богословский словарь. Службы и преподавание велись на японском языке.
Первым крестившимся японцем стал Такума Савабэ – синтоистский жрец и самурай, изначально настроенный к святителю Николаю отрицательно. Такума стал и первым православным священником-японцем. Затем крестились двое его друзей.